I perioden 2009-2015 har EU bevilget støtte på 200 millioner euro til projektering af den faste Femern Bælt forbindelse.

Også i de kommende år kan tunnelprojektet modtage betydelig støtte fra programmet for det transeuropæiske transportnet TEN-T. Det fremgår af konceptet for støtte til infrastrukturprojekter.

Med TEN-T programmet (transeuropæisk transportnet) ønsker EU at skabe bedre sammenhæng på Europas indre marked og at indføre en vis standardisering af transportsystemerne. Konceptet, der blev vedtaget i slutningen af 2013, omhandler for første gang et hovednet af ni multimodale transportkorridorer, der forventes færdige senest i 2030.

Infrastrukturprojekter, der som Femern Bælt-tunnelen ligger langs med korridorerne, står øverst på den officielle liste over støtteberettigede projekter. Parlamentet har tredoblet budgettet til 26,3 milliarder euro for perioden 2014-2020.

I alt er der to nord-syd-korridorer og tre øst-vest-korridorer samt fire yderligere korridorer, der løber diagonalt over Europa. En af de vigtigste europæiske transportkorridorer er den såkaldte "korridor Skandinavien-Middelhavet". Den starter ved den russiske grænse i Finland, går gennem Sverige og Danmark over henholdsvis Storebælt og Femern Bælt og så videre gennem Tyskland og Italien til Malta. I den forbindelse udgør Femern Bælt en særligt vigtig delstrækning på nord-syd-aksen mellem Centraleuropa og Skandinavien, fordi tunnelen. skal forbinde Europas byområder og samtidig fjerne flaskehalsene på tværs af landegrænserne.

For Femern Bælt-tunnelen begynder en ny syvårig støtteperiode inden for rammerne af TEN-T-programmet i 2014, hvor Danmark vil søge om yderligere støtte til anlægsprojekter.